食用菌菌种在培养过程中均会不同程度的发生诸如绿霉、青霉、曲霉、根霉、毛霉以及细菌等杂菌污染，高温季节尤为严重。生产过程中由于杂菌的侵害，往往会引起减产甚至绝收。因此，寻找杂菌污染的原因，对于提高栽培的成功率和提高经济效益具有重要的意义。正常情况下，二级菌种和三级菌种的污染率在5%以下，如果超出了这一范围，就需要我们查找原因了。造成菌种污染的原因如下：
　　（1）灭菌不彻底：培养料灭菌不彻底会造成杂菌污染，一般3-5天即可出现污染现象。而灭菌不彻底也是由于下列几个原因引起的：
　　①霉菌操作不当：一般杂菌的菌丝体与孢子经过常压100℃、6-8小时或121℃、0.5-2小时均能杀死。目前食用菌培养料往往采用常压灭菌法或高压灭菌法。常压灭菌对谷粒、粪草等材料的灭菌难度较大，不容易完全达到灭菌的效果；而高压灭菌法效果则要好得多。采用高压灭菌时，关键是把锅内冷空气排尽，否则，锅内不能达到饱和的蒸汽压，灭菌的温度也达不到要求。采用常压灭菌时，灭菌仓的周围最好砌成圆形，以便灶内升温均匀，灶顶砌成圆拱形，这样冷凝水沿四壁下流而不会打湿菌种瓶（袋）。另外蒸汽不足、温度不高等也是常压灭菌不彻底的因素。
　　②培养料性质的影响：制种所需材料的种类、培养料中的含菌量、含水量以及酸碱度等都能影响灭菌效果。灭菌时，要根据培养料配方的不同，选择相应的灭菌时间。选用的培养料一定要新鲜无霉变。从培养料灭菌前微生物含量来看，微生物数量越高则灭菌时间越长，反之则短，所以培养料配制完毕后必须及时灭菌，装袋后的菌种千万不要过夜后再上锅灭菌，以免微生物大量繁殖，导致料内的含菌量升高，并且会造成料中营养损失。水的热传导性能比木屑、粪草等固体要强，如果培养料内水分均匀适宜，则灭菌效果好。培养料中应避免出现"夹心料"（即培养料中含有未吸水的干料）。灭菌锅内的蒸汽对夹心料的穿透能力较弱，容易出现灭菌死角，达不到灭菌的目的。另外，培养料的酸碱度也影响灭菌的效果，偏酸的培养料比中性和偏碱性的灭菌时间要短。
　　③菌种瓶（袋）堆放不当：菌种瓶（袋）在灭菌锅内的堆放形式可影响灭菌的效果。在排放时要留有一定的空隙，以便蒸汽的流通和升温。对菌种袋装的培养料灭菌时，由于塑料袋受热后容易变形变软，如装料不紧，叠压堆放时则菌袋之间的空隙会减少，影响灭菌的效果。