近年来市工商局在流通领域食品抽检中发现多数产品出现菌落总数超标现象，菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及其卫生质量，它反映食品在生产加工过程中是否符合卫生要求，以便对被检食品作出适当的卫生学评价。菌落总数的多少标志着食品卫生质量的优劣。人如果进食菌落总数超标的食品，容易引起肠胃不适、腹泻等症状
　　食品的物料在加工成型前，一般要经过高温熟化处理，从理论上就讲绝大多数食品经高温杀菌后，其中的微生物基本被杀灭，能达到商业无菌的要求，这样的食品在适宜的条件下贮藏，在承诺的保存期内基本不会变质。可是现实中，食品在冷却至内包（灌装）的工序中，还是与车间内的空气直接接触，如车间空气含有较多的微生物，则这些微生物会附着在食品表面，再次污染食品，为食品的日后变质留下隐患。
　　食品出现菌落总数超标原因除去产品本身在生产工艺中的卫生问题外，还有就是在内包过程中被污染。小型企业对于内包车间的卫生管理缺乏一定的认知，认为内包材比较少，可以用柜子上锁加装臭氧消毒机来解决，内包装间与外包装间用传递窗，外包材不可进内包装间来避免细菌感染。这样的做法确实正确，但是缺忽视了其他感染源。
　　一般内包车间卫生要求空气：沉降菌/皿小于等于30个，工作台表面：细菌总数小于等于100个/平方厘米，工人手表面：细菌总数小于等于100个/平方厘米，大肠菌群阴性。这样的卫生条件在无人的情况下，很容易就完成，采用紫外线杀菌，臭氧杀菌即可。在实际包装过程中，企业员工的各项卫生因素均会打破此规定，这样就导致了食品在内包车间内产生二次污染。
　　要避免这种二次污染，采用传统的紫外线与臭氧杀菌均不可采用。紫外线杀菌属于静态消毒方式，开启紫外线灯时，全部人员应该离开消毒现场，以免造成人体伤害；臭氧杀菌属于静态消毒方式，高浓度的臭氧可以老化橡胶，使铜片锈蚀，但臭氧作空气消毒时，并非使用纯臭氧，又具有极易分解的特点，况且一般为间断使用，故不易产生对环境设备的损害。用臭氧消毒空气，必须是在人不在的条件下，消毒后至少过30分钟才能进入。
　　菌落总数超标是导致食品质量不合格的重要原因之一，既给生产企业带来了声誉和经济上的损失，也对消费者产生了危害。不管是大型知名企业还是小作坊，都面临产品遭受微生物污染的难题。食品在生产中，容易感染微生物，因其营养丰富，是微生物的良好培养基，在温度、水分适宜情况下，微生物便会大量繁殖，导致菌落总数超标，出现感官上的变化和变味等问题，并缩短产品的保质期。