改善养殖环境曾经发生过小瓜虫病的鱼塘，要进行深翻冲洗或换新沙石并整平，要彻底清塘、干塘、撒生石灰（200千克/亩），并且在烈日下曝晒一周，冲洗干净，然后用高锰酸钾30ppm~50ppm，浸泡3天。池壁和进水渠道等也要冲洗干净，放水待3天后放苗种。
　　养殖生产管理白苗和黑仔培育，有条件的最好用地下水，苗种培育时最好要设调温池，水温调到30℃以上，可控制小瓜虫病传入养殖池。
　　每个管理工人要规定管理几口渔池，在两个池子的池边接合部要放一个消毒桶，用100ppm的高锰酸钾消毒排污、脸盆、网具等。每进入一口池都要对工具进行消毒，管理员用脸盆装高锰酸钾消毒液冲洗穿在身上的水裤后才进入另一口池工作。
　　没有地下水的渔场，若遇暴雨，要及时关掉水源，1天后待水源清洁才能放水，否则很容易暴发小瓜虫病。
　　勤巡塘，勤镜检在生产管理中，若发现鳗鱼吃不好，要及时捞出比较差的鳗鱼进行诊断，一般鳃部比较容易感染小瓜虫病，若皮肤感染严重时比较难治。小瓜虫病要提早预防，及时治疗。
　　治疗
　　从健康养殖来说，目前没有特效药来杀死小瓜虫，但可通过以下操作来进行缓解和治疗。
　　1.加温：精养池水温加到28℃~
　　29℃。
　　2.彻底排污消毒，水位排到625px关掉增氧机排污，到水位10px~375px加注新水，插上排污管，待水位625px，开启增氧机。水位30px~875px时停止注水，然后下海中宝3ppm~5ppm。
　　3.病情较轻时死亡鳗鱼数量少，一般每口养殖池塘3尾~5尾，可先采用高锰酸钾2ppm，消毒时间6小时~8小时，大量换水，排污连用2次~3次，然后用海中宝＋戊二醇＋抗菌药连用2次~3次，含氯消毒剂3次~5次，可达到一定的治疗效果。
　　4.病情严重时，用3‰~5‰粗盐，然后用戊二醇1ppm~2ppm或福尔马林40ppm~60ppm，浸泡24小时~36小时后排污，捞掉死鳗，排污10px~375px或全部换水，重新加药或补充药物，连用2次~3次，再用含氯消毒剂连用3次~5次，可达到良好的治疗效果。
　　5.每立方米水体用大黄1.5克，野菊花干品1.5克，煎汁全池泼洒，连用3天，可杀灭小瓜虫。
　　6.用硫酸镁1.5%和食盐3.5%的混合液浸洗病鱼5分钟，可将小瓜虫全部杀死。