日本早稻田大学和东京大学大学共同研究组对日本等12个国家的人体肠道细菌群基因组数据进行了比较分析，发现各国家的人体肠道细菌群菌种组成具有巨大的差异，并明确了日本人肠道细菌群的独特特征。
该共同研究组对106名日本人的肠道细菌进行了大规模的基因组分析，其结果显示①在日本人肠道细菌群里发现了500万个基因，加上外国人肠道细菌群中发现的，至少有1200万个基因。②来自同一个国家的被测试者之间的肠道细菌群的类似性明显高于来自其他国家的被测试者，也就是说各国都形成了具有独特特征的肠道细菌群。
而且比较日本和欧洲、美国、中国等11个国家的相关数据发现，日本人肠道细菌群中①双歧杆菌等占有优势、古细菌相对少。②碳水化合物和氨基酸代谢功能相对高，而细胞运动性和复制、修复功能相对低。③氢气在其他11个国家肠道细菌群中主要消费于甲烷的生成中，而日本人肠道细菌群中主要消费于醋酸的生成中。
除此之外，约有90%的日本人拥有分解海苔和裙带多糖类的酶相关基因，而其他11个国家大约只有15%的人拥有，由此可知该酶在日本人集团中具有广泛存在的独特特征。
综上所述的日本人肠道细菌群的特征，与其他国家相比对生体有益的机能较多，其整体有益性与世界第一的平均寿命和较低的肥胖率具有相关性.。