据法国儿科学会营养委员会成员、巴黎圣保罗医院新生儿科主任Christophe Dupont介绍，由于完全水解蛋白的蛋白质分子量很小，免疫系统不会对它产生有效的免疫应答；部分水解蛋白分子量虽然比普通牛奶小很多，但依然保留了部分具有免疫活性的肽段，因而可以温和地训练免疫系统。如果把蛋白质彻底分解为氨基酸分子，就成为以氨基酸分子为基础的脱敏营养奶粉，主要用于治疗婴幼儿过敏，不适合长期食用。
　　二炮总医院儿科主任李芳表示，临床上，严重过敏的婴幼儿，需要吃一段时间的完全水解蛋白配方奶粉，而随着年龄增长带来的消化、免疫、皮肤保护层的不断发育完善，就可以逐渐改为部分水解蛋白配方奶粉。而孩子的免疫功能、消化功能、皮肤抗击外界病菌侵害的能力都随着年龄的增长在不断完善。一般婴幼儿到了3岁对牛奶蛋白的耐受性就会大大增强，不再对牛奶蛋白过敏。所以，即便是习惯喝水解配方奶粉的孩子，一般长大后也喝普通牛奶。
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　　无乳糖或低乳糖配方奶粉
　　另外还有的特殊配方奶粉是无乳糖配方或者低乳糖配方奶粉，把奶粉中的乳糖部分或者全部用其他糖类代替了的配方，适宜先天性乳糖不耐受的宝宝，或者使用抗生素后腹泻或其他由于暂时性的肠道菌群紊乱以及乳糖酶不足所致的宝宝。还有极少数的婴儿患有一种称为半乳糖血症的遗传病，他们有充足的乳糖酶可以把乳糖分解为葡萄糖和半乳糖，却没有能把半乳糖进一步分解的酶。对于这种宝宝，不论是母乳还是普通配方奶粉都不能适应，因此只有无乳糖配方的特殊配方奶粉才能保证他们正常成长。
　　另外，一些早产儿或者出生时体重非常轻的宝宝，普通配方奶粉的能量密度和营养物质含量可能会偏低，同时其中的一些成分对他们来说也相应难消化一些。而早产儿/低体重儿配方则含有更高的能量密度，更丰富的营养素，以及更容易消化的成分，可以让这些宝宝能尽快赶上其他足月儿的发育步伐。
　　防吐奶配方奶粉
　　宝宝吐奶想必是绝大多数父母都会遇到的问题。如果情况严重的话，可选择防吐奶配方。原理其实很简单，那就是通过增加配方奶的黏度来防止吐奶。在这种特殊配方里，通常会使用淀粉，角豆粉或者麦芽糊精来代替一部分碳水化合物，来起到增稠的效果。
　　如果缺乏乳糖酶，那么乳糖在肠道内被细菌分解之后引起肠道渗透压增高，就容易导致腹泻。而便秘和腹泻又恰是相反的症状。于是，要想防止便秘，那就可以在增加更加容易消化的乳清蛋白的比例的同时，增加配方中的乳糖含量来实现了。