检查病鱼时，需按一定步骤顺序进行，一般先体外，后体内。各器官的顺序先后如下：⑴ 粘液、⑵ 鳍、⑶ 鼻腔、⑷ 血液、⑸ 鳃、⑹ 口腔、⑺ 脂肪组织、⑻ 胃肠、⑼ 肝、⑽ 脾、⑾ 胆囊、⑿ 心脏、⒀ 鳔、⒁ 肾、⒂ 膀胱、⒃ 性腺、⒄ 眼、⒅ 脑、⒆ 脊髓、⒇ 肌肉。
　　（一）肉眼检查病鱼体表
　　1.将病鱼放在解剖盘上，首先注意其体色及肥瘦情况；体表粘液之多少或鳍条上有无小白点并与粘液相伴呈米粉状样结构；有无明显病症出现，如有无白色瘤状物或细小白点、有无突出的“红点”、有无炎症出现、鳞片下有无“花纹”存在、有无“黑点”；或肉眼可见之寄生虫的存在；头背面有无充血等种种异常现象的出现。
　　2.体表检查之后，将鳃盖掀起，注意鳃之色泽，粘液之多少，有无白点、瘤块之存在，鳃有无肿大，鳃丝末端是否肿大发白及是否有异物存在，鳃盖是否外翻等变化。并注意鳍的非正常改变。
　　（二）镜检有关器官
　　肉眼外表检查之后，进入解剖检查。由于病鱼的发病部位，一般常见于皮肤、鳃及肠道，故主要介绍这三个部位，余者请参照上述进行。
　　1.粘液
　　在鱼类的体表，除肉眼检查时可见的寄生虫外，往往还有许多肉眼看不见的寄生虫，例如口丝虫、颤动隐鞭虫、粘孢子虫、小瓜虫、车轮虫、三代虫以及吸虫囊蚴等。检查的方法是用解剖镊刮取体表的粘液，加上盖玻片，进行观察。
　　2.鳃
　　检查鳃时，先用剪刀将左右两边的鳃完整地取出，放在培养皿里。首先仔细观察鳃上有无肉眼可见的寄生虫，再看色泽如何；然后，用小剪刀剪取小块鳃组织，放在载玻片上，加上少量清水，盖上盖玻片，在显微镜下检查。鳃瓣是特别容易被寄生虫侵害的器官，如各类原生动物、单殖类、复殖类吸虫的囊蚴、蛭类、软体动物寄生幼虫、甲壳类等，在鳃上往往都可以找到。检查时，每边鳃的第一片鳃片接近两端的位置剪取一小块鳃丝，因为这个地方寄生虫较集中。
　　检查小型寄生虫后，可把整个鳃放在培养皿里，加入清水（淡水或海水），将鳃小片逐片剪开，在解剖镜下观察。观察时，用两根解剖针，把鳃丝逐条拉开，仔细检查，或用镊子将每片鳃片的鳃上所有内含物完全刮下，放在培养皿里，用清水稀释、搅匀后，在解剖镜或低倍显微镜下进行检查。也可用清水洗涤数次，倒弃上清液，检查单殖类。